
金贞祐三年(1215年)五月,蒙古军攻占了金中都(今北京)和通州、漷阴县等各地。世祖忽必烈至元九年(1272年)二月,改金中都为大都,漷阴县仍属大兴府管辖。由于永定河、潮白河经常泛滥,卷带大量泥沙,延芳淀被淤塞成互不相通的几个小型湖泊,其湖水清澈水草丰盛,禽鱼群集,景致优美,是理想的游幸避暑胜地,帝王、大常至此地游猎,并给几处较大的水淀定名为“飞放泊”,分别称南新庄飞放泊(今永乐店镇半截河村北)、栲栳垡飞放泊(今于家务回族乡小海子村北)、马家庄飞放泊(今张家湾镇海子洼以南)和柳林海子(今张家湾镇西南)。北京人称较大的湖淀为海子。
当时在阴县域重要部位修筑有晾鹰台(今德仁务)、放鹰台(今青山村)、阴泽中筑呼鹰台,打捕鹰坊以及其他各项游猎服务设施,促进了这一地区的兴旺发展,居民迅速增加,先后出现了枣林庄、田阳、东西定安、青山、牛堡屯、马家务、栲栳垡、南新庄等一大批聚落,故于至元十三年(1276年)八月,由于“捺钵文化”游猎的需要和保证白河漕运畅通,阴县又被升为州,名漷州,其州署并未设于漷阴镇,而改设在漷阴镇西古芳淀北部西侧,今前后南关,大小北关之间。当时的漷州城分南、北两个城池,依河相隔而建,中以桥相连,辖武清、香河二县,而漷阴县辖域则成为漷州直辖区。此时通州则领三河、宝坻二县,同属于元大都路大兴府。这就是今通州区在历史上曾有两个州级政权之说的来历,而且都与运河漕运紧密相关。
世祖至元八年(1271年),改国号为元。十八年(1281年),世祖忽必烈在游猎之时,发现在漷阴镇西北17里处,有一大片柳树林,此地可为游牧之地而敕改建行宫,其址概在今南、北大化村间,游猎时驻跸漷州和柳林行宫甚便。
元至正初,漷州所又迁于白河之西的漷阴镇东北隅,此时的元朝统治已由兴盛走向衰败。至正十一年(1351年),山东、河南、江苏、三省交界处,爆发了红巾军起义。十八年(1358年),农民军分三路北上,山东作为东路起义军,由总指挥毛贵率领,首先攻占了济南,乘胜攻占了清州、沧州、长芦等地。三月,攻克了州(今县)、州,直取枣林庄,杀元朝枢密院副使达国珍,遂攻略元皇帝行宫柳林,直逼大都。此刻朝野震惊,急调援军来助,阻止农民军攻占大都的势头,农民军受挫后返回济南。此举动摇了元朝的统治基础。由于京杭大运河漕运受阻不畅,促使元朝快速走向衰亡。